由于资源部门的特殊性和历史原因，资源部门大部分仍然是垄断经营。在没有破除行业垄断。形成充分竞争的情况下，贸然放开价格，垄断厂商将会毫无疑问地制定垄断高价，攫取高额的垄断利润。而政府希望通过价格改革使资源产品生产过程中的资源破坏和环境污染成本内部化的良好愿望也不可能实现。国务院《国民经济和社会发展第十一个五年I规划纲要》中提出，深化垄断行业改革的重点是：“坚持政企f分开、放宽准入、引入竞争、依法监管。推进垄断行业管理体制和产权改革”。2005年2月25日，国务院发布了《关于鼓励支持和引导个体私营等非公有制经济发展的若干意见》，在这36条意见中，国家允许非公有资本进入垄断行业和领域，允许非公有资本进入公共事业和基础设施领域等。这表明我国已经在自然垄断、公共事业和基础设施领域的市场准入方面，对民营资本将逐步开放。
无论自然垄断行业如何改革，对之加以进入管制是完全必要的，但是管制必须科学。法律原则上允许不同性质的资本进入自然垄断行业，但是由于某些自然垄断行业涉及国家安全或者稀缺资源，为了兼顾效益与安全等因素，不同性质的资本进入要受到份额的限制。管制部门应依据合法合理的条件，通过法定的程序确定一定数量的市场主体（包括国有企业与一般企业）进入市场，形成一定规模的市场竞争。在传统自然垄断行业引进竞争，不由“反垄断法”作具体调整，而主要需由规制自然垄断行业并在这个领域中引进竞争机制的专门性法律法规，来解决这个领域的垄断和竞争问题。在相关专门法中，首要考虑的是某自然垄断行业放开竞争的程度和如何放开竞争，要精心设计一种实行特许经营、市场准入控制和恰当监管下的合理的市场结构。
石油行业是公认的可竞争性行业.我国加入WTO的承诺，也决定了石油市场结构的竞争性取向。目前，石油部门从勘探、采掘、炼油、进出口到零售由中石化、中石油和中海油三家垄断，属于典型的寡头垄断市场。当前的油价机制是根据1998年我国原油成品油流通体制改革和石油工业体制改革方案形成的。这个体制的最大特点，就是国家通过三大国有公司，把石油领域的上中下游都牢牢地控制在国家手里，民营石油企业的生存空间被压缩到了最低限度。为履行入世承诺，2006年12月11日商务部公布了《成品油市场管理办法》和《原油市场管理办法》，降低了市场准入的门槛，不管内资外资还是官资民资，只要是具备《办法》所要求的入门条件的企业，都可以从事原油、成品油的批发和零售经营业务。但是，尽管政策放开了。但成品油市场在短期内不会有太大变动，主要是因为油源问题还没完全解决，外贸权暂时没有放开。包括民营企业在内的成品油经销企业只能通过几家大公司获取油源，真正的市场竞争局面还没有形成。事实上，应当适时取消法规中限制其他国有企业和民营企业进入除批发和零售业务以外的各个领域的条款、赋予石油消耗大省或具有符合条件的企业直接进口原油、成品油的权限、分批逐步放开炼油厂直接进口原油和自主在国内市场销售成品油的权限。此外，在三大石油企业还控制主要油源的情况下，对成品油的出厂价和批发价仍然要进行管制，直到有更多的竞争者进入开采和炼制领域，形成市场定价机制以后，可以解除这一管制。
煤炭行业不是缺乏足够的市场竞争，而是进入门槛太低、市场竞争过度。目前，在不少省区出现办矿失控问题，带来许多深层次的影响和损失：一是矿点过多过滥；二是规模小。由于生产水平低下，一些小煤矿的开采带有掠夺性和破坏性；三是资源国家所有权原则上得不到落实；四是影响煤炭开发规划和开发布局的实现：五是由此产生的腐败行为在一些地区愈演愈烈。这些现象与后果.很大程度上是由于在办矿管理上缺乏有力的、法律化的治本之策所造成的。根据《矿产资源法》，政府对探矿权人、采矿权人收取探矿权使用费、采矿权使用费和国家出资勘察形成的探矿权价款、采矿权价款，但实际转让费很少，导致煤炭产业进入壁垒过低。从《煤炭法》第18条规定的开办煤炭企业的六项条件来看，条件低，不细化，使许多生产技术条件比较差的小煤矿能够通过审批成立。应修订《煤炭法》，提高煤炭行业的市场准入门槛，对开采企业的规模、回采率、环保等指标进行严格要求，来淘汰一些资金不足、技术不过关的企业。应加快煤炭行业整合步伐，努力提高煤炭行业的集中程度，鼓励大型煤炭企业投资搞集团化运作，让小煤矿逐渐退出历史舞台，民间投资给予合理补偿。另外，因煤炭供需大体平衡.2006年电煤价格彻底放开。但作为公用事业产品，终端电价不可能完全市场化，当煤价上涨时，电价不可能有 100%的联动，只能是各级政府把隐性财政补贴显性化，站出来承担责任。
