矿产资源补偿费是由财政和地矿部门负责征收，纳入国家预算，实行专项管理，主要用于矿产资源勘查的专项资金。1994年2月27日发布的国务院150号令明确规定：在中华人民共和国领域和其他管辖海域开采矿产资源，应当按照其矿产品收入的一定比例缴纳矿产资源补偿费。这项法令的出台，对保障和促进矿产资源的勘查、保护和合理开发，维 护国家对矿产资源的财产权益起了很大作用，但我们在审计中发现，由于各方面原因这项措施在
实际执行中还存在如下一些问题：
一、欠缴和截留坐支矿产资源补偿费问题。按照规定，矿产资源补偿费应就地缴入中央金库，但审计发现，欠缴和截留坐支资源补偿费的现象比较普遍，有的存入征收部门过渡户用于补充机关经费和办公楼、职工宿舍等基本建设支出，有的交存当地财政预算外管理，有的交当地财政用于平衡预算。审计发现，由于一些地方财政状况不佳，导致征管部门经费拨入不足，不足部分就用矿产资源补偿费弥补。另外，人员超编也是造成经费不足进而坐支矿产资源补偿费的一个重要因素。再次，现行征缴办法不够完善也是影响“缴库率”的一个方面。一是矿产资源补偿费地方留成比例过低，影响缴库的积极性。二是下达征收入库指标的具体操作办法有一定的副作用。
二、征收力度不够和企业效益差造成矿产资源补偿不能足额征收。大的采矿权人如石油、煤炭、铁矿企业基本能够按规定申报缴纳矿产资源补偿费，征管部门对其征收管理也比较到位，但是一些小的采矿企业特别是个体私营企业不能做到按期申报，有的甚至无账可查，有关部门只能按定额征收或简单测算征收。有的企业虽然据实申报，但因效益差、 货币资金不足也影响矿产资源补偿费的缴纳。
三、由于有关部门规章规定不明确，致使市以下分成的矿产资源补偿费多用于征管经费补助，很少安排矿产资源勘查项目和保护项目。按照《矿产资源补偿费使用管理办法》的规定，矿产资源补偿费应用于矿产资源勘查支出、矿产资源保护支出及矿产资源补偿费征收管理部门经费补助，但没有明确划分三项支出的具体比例。审计发现，大部分市及县 (市、区)分成的矿产资源补偿费全部用于征管经费补助，很少安排地勘项目和保护项目。各市县矿产资源勘查项目和保护项目资金几乎全部靠中央和省财政安排。
针对以上矿产资源补偿费征收管理中存在的问题，可以从以下方面加以改进：
一、改进现行的矿产资源补偿费征缴及返还办法。一是调整矿产资源补偿费中央与地方的分成比例，适当提高地方留成比例，以调动地方征收入库的积极性；二是结合指标任务考核，制定对超收部分适当提高返还比例的优惠政策，鼓励各级征收部门应收尽收，足额上缴，保证国家对矿产资源的财产收益。
二、加强对矿产资源补偿费征缴和管理使用的监督。首先，要强化征管系统内部的监督检查，除了年度上缴指标完成情况外，还要检查超额征收部分的解缴情况，以及矿产资源补偿费的管理和使用情况，对欠缴或截留、挪用等问题及时予以处理。其次，财政和审计部门也要对矿产资源补偿费的征缴和管理使用情况进行监督，发现问题，按照有关规定严肃处理。
三、完善矿产资源补偿费征收和使用管理办法，使之更具操作性。如可以规定矿产资源勘查支出、矿产资源保护支出和矿产资源补偿费征收管理部门经费补助的使用比例，把收缴的矿产资源补偿费主要用于矿产资源勘查和保护项目，实现其基本功能和作用。
四、财政部门在编制年度预算时，应足额安排矿产资源补偿费征收部门所需的行政事业经费，从根本上解决“ 养人征费，征费养人”的不良循环。各级矿产资源补偿费征收部门要结合机构改革，精简清退超编人员，切实加强财务管理，从严控制经费开支，严格按规定征收管理使用矿产资源补偿费，做到足额上缴、专款专用，杜绝此类违纪违规问题的发生。
