尽管华煤股份挂牌成立了，但是隐患已经埋下，此后的两年中，华煤股份的内部争斗从未间歇，一直到今天，仍没有一种方案可以使双方妥协。
“10•11事件”
在股权之争过程中，华煤股份的“独立”与华煤集团的“反独立”拉锯战最为激烈，第一次“火拼”是发生在2002年。
2002年10月11日，华亭县国税局一分局向华煤股份送达一份《税务事项告知通知书》指出，华煤股份“下属四个矿点营业室未使用本企业发票，而使用华亭煤业集团公司购领的发票，属代开发票行为”，该《通知书》还警告说，“如股份公司在10月12日之前仍未以法人身份独立核算纳税、使用股份公司的发票，就将取消一般纳税人资格，吊销营业执照”。
据华亭县国税局说，虽然华煤股份在2002年7月5日办理了企业法人营业执照，并在此后30日内依法申请办理了税务登记、开立银行账户和申报纳税等有关手续，但据该局管理的一分局随后对华煤股份的财务核算、税款申报、发票使用和经营运行情况的检查发现，华煤股份已连续出现“三个月税款零申报现象，煤炭产销不成比例，企业有成本费用、无产品销售收入，增值税有进项、无出项，造成企业运行初期就出现税款异常申报现象”，并且已欠税1105万元。
当天下午，华煤股份召开了紧急会议，与会的15名管理层人员形成一致意见，即从第二天起，公司下属四矿的营业室及其工作人员整体移交股份公司管理，并一律使用股份公司增值税专用发票、普通发票和煤炭调运单，销售回款按程序进入股份公司账户。随后，销售业务移交到华煤股份的通知也迅速送达许多客户手中。
对此，华煤集团迅速做出反应。2002年10月21日，华煤集团召开处级以上干部大会（包括华煤股份的许多管理层人员），并将其称为“10•11事件”。
据华煤集团当时参会的一位干部透露，集团对股份公司这一“不讲政治、不顾大局、无组织、无纪律”的行动进行了严肃的批评。随后专门给华煤股份的法人代表王正元办了学习班，前三天主要学习的是抗战时期毛泽东提出的“反对自由主义”等理论知识，第四天下午，集团又召开200多人的干部大会，要求王正元做“深刻检讨”。
2002年10月23日，华煤集团发文，要求华煤股份上交所有销售权及相关印鉴，以终止华煤股份“闹独立”的行为。
最后双方各让一步，使用华煤股份的税务发票，但销售仍由集团进行，销售款回到集团账上。
“12•6事件”
“独立战”的另一次经典战役是发生在2003年。导火索是甘肃省财政厅的105号文件。
2003年10月15日，华煤股份的股权争议得以暂停。这一天，甘肃省财政厅以《关于甘肃华亭煤电股份有限公司国有股权管理方案的批复》（甘财企【2003】105号），再次确认华亭煤矿与华煤集团分别持有70.64％及25.16％的国有法人股。这个文件是依据甘肃省经贸委的“甘经贸函【2002】71号文”作出的。
2003年12月6日，华煤集团以“股权得以明晰、公司于5天前进入上市辅导期”为由，召开了第二次股东大会，华亭煤矿作为第一大股东出席，此前华亭煤矿未能参加第一次股东大会。
是日下午，会上突然爆出华煤股份要“独立运作”的新闻。华亭县委书记郭奇若、县长杨军、副县长李卫中到会，宣读了《华亭县人民政府关于华亭煤矿国有资产授权经营的决定》（华政发【2002】146号）。 这一份经华亭县政府2002年11月23日的第十次常务会议通过、2002年12月2日就已经印发的决定指出，“将县政府出资形成的甘肃省华亭县华亭煤矿的资产（总资产6.13亿、负债2.15亿、净资产3.976亿），授权甘肃省华亭县华亭煤矿经营，并同意华亭县煤矿以其优良资产（2.82亿元）入组甘肃华亭煤电股份有限公司”，“授权经营期限暂定为三年”。
随后，华煤股份董事长王正元宣布股份公司独立行使人事、销售、财务等管理权，并向各股东首次颁发了“股权证”。有意思的是华煤集团也领走了25.16％的股权证。
华煤集团董事长何元纲作为华煤股份的董事之一参加了股东大会，他对会上发生的一切“感到非常突然”。据何元纲称，华亭县政府人员到会一事，会议议程并未安排，多数股东也不知情，他“当即反对，表明态度立场”。
第二天，何元纲携《华亭煤业集团有限责任公司关于矿区发生重大突发事件的紧急报告》赶到省政府有关部门“了解情况”。据何元纲称，此时他才知道，股份公司个别人利用废止的省经贸委“71号文”及相关虚假材料，“伪造了整套省工商局注册登记文件和上市辅导材料”。何元纲说，省里有关领导同志在听取汇报后，“都很震惊，觉得不可思议”。
华煤集团副总经理卢熹在接受《经济》杂志采访时提到，“12•6事件”发生后，甘肃省内多家媒体进行了报道，广大职工得知后群情激愤，尽管集团领导全力做了工作，但12月9日，山寨煤矿和马蹄沟煤矿（均不属于华煤股份）先后300多名工人到县政府上访。
华煤集团杨井煤矿调度室47岁的孟晓明告诉《经济》杂志，“当时我听说这个事情后，也打算跟去县政府，后来被集团公司领导劝回”。在孟晓明看来，华煤股份掌握的都是优质煤矿，产量也很高，若他们独立销售，售价肯定有优势，这样一来，未能进入华煤股份的集团职工肯定受到影响。
孟晓明说，他现在一个月能挣1400元左右，如华煤股份独立出去，他们就“又回到从前”，一个月也就收入800多元。
2003年12月23日至25日，由省市8各部门共计18人组成的调查组来到华亭进行调查，得出的结论是：“原华亭县煤矿已作为华煤集团的一部分，不能再单独作为股份公司的出资人。”
对此，华亭县政府显然不能接受，他们甚至认为，省经贸委（2004年3月，其部分职能转入新成立的甘肃省国资委，其余组建为甘肃省经济委员会）既然是华煤集团的出资人，由原省经贸委主任任继东担任组长的调查组就难以公正、客观地调查华煤集团和华煤股份之间的争端。
事实上，这一次调查也并未起到很大的作用，双方的股权争夺仍在继续。 终止上市辅导期
也是由甘肃省财政厅的105号文件引发，与“12•6事件”同时发生了终止上市辅导期事件。
早在2002年初筹建华煤股份时，有关领导提出的时间要求是“4月份调研、5月份论证、6月份挂牌、7月份进入上市辅导期”，但华煤股份的上市工作却进展缓慢。
