近年来，兖矿集团全面落实科学发展观，推进科技创新，加快产业结构调整，转变经济发展方式，通过创新促进提高核心竞争力，推动集团公司又好又快发展。兖矿坚持产学研结合，健全科研机构。目前，兖矿拥有水煤浆气化及煤化工国家工程中心、上海兖矿能源科技研发中心2个中心、1个博士后科研工作站、10个专业技术研究所和7个校企共建研究机构。煤液化及煤化工实验室被科技部批准为国家重点实验室。与中国化工建设集团等9家单位结成技术创新战略联盟，与清华大学、华东理工大学、中国矿业大学、中科院热物理研究所、美国杜邦公司、UOP公司等国内外一流高校和企业建立合作关系，与UOP公司就煤化工技术研发、中试和推广达成合作意向。
科技研发取得多项成果。“十五”期间承担的煤炭间接液化、新型水煤浆气化、燃气发电联产甲醇3项“863”课题全部通过国家科技部验收，“十一五”又有100万吨级低温费托合成油技术等5项技术列入国家“863”计划。“十五”以来，取得重点科技成果520项，获省部级以上科技成果奖134项，国家专利授权102项。2006年取得重点科技成果105项，其中省部级以上成果45项，21项技术达到国际先进水平，获得专利授权20项。
自主研发出国际上第一套两柱掩护式放顶煤支架，向德国DBT公司转让专利技术有限使用权，实现向发达国家输出先进采矿技术的历史性突破。年产600万吨高可靠性自动化信息化综放工作面试生产，高温费托合成煤液化中试装置一次投料开车成功。醋酸专有技术、多喷嘴气化炉技术获得转让费1.2亿元。“十五”期间，80％以上科技成果实现向现实生产力转化。
科技创新离不开人才队伍建设。近年来，兖矿通过实施人才强企战略，树立“人才资源是第一资源”观念，做好了“高级管理、专业技术、高技能人才”三支人才队伍建设，做到了人才“引得来、留得住、用得好”，为科技创新提供了坚强有力的智力保证。
加快培养高级管理人才。“走出去”学习：组织干部职工到清华、复旦等高校脱产学习，110名领导干部取得博士、硕士学位；组织科研人员参加中高层培训，每年选派技术能手到美国、澳大利亚等国家考察学习。“请进来”培育：聘请南开大学、中国矿大等院校专家教授到公司授课，与南开大学联合举办兖矿EMBA班；委托华东理工大学举办化工专业硕士班。
加快培养专业技术人才。一是发挥“一站两中心”作用，结合科研项目和技术攻关，带动和培养高级专业技术人才。二是提升现有专业技术人才素质。三是加快培养紧缺专业技术人才。四是通过到科研院所招聘、项目合作等形式，培养煤化工、煤电铝等专业急需人才。
加快培养高技能人才。一是开展创建学习型组织、争做知识型职工活动，培育工作学习型、生产智慧型、知识创新型职工队伍。二是开展岗位练兵和技术比武活动，培育技术明星、岗位能手和安全标兵，多次在全国和省市技术比武中取得优异成绩。三是开展职业技能鉴定工作。四是强化职工学历教育。
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